校園一卡通系統涵蓋了學校生活的各個方面，其中消費系統在校園一卡通系統中占據了重要的部分。系統數據的安全、校園卡系統每年用校園卡消費與支付的金額數額龐大，因此校園卡系統應重點提高網絡完全功能，確保消費與支付的準確性和有效性；所以消費系統的安全性是需要重視的部分。
校園一卡通消費交易的安全性分為以下幾個方面，一是密鑰管理：通過制定一套完整的密鑰管理體系，來保證消費過程的安全性和終端機具使用的安全性。終端機具的密鑰保存在PSAM卡中，無法讀取，能夠保障交易安全。
校園一卡通第二個安全管理方面是用戶IC卡的合法性認證：當用戶IC卡在POS終端上刷卡時，POS終端首先需要驗證IC卡的合法性。驗證通過后，POS終端需要進一步檢查該IC卡是否在黑（白）名單中、是否為止付卡或過期卡等，若都不是，才確認該卡是合法的。
校園一卡通消費交易的安全性和完整性：用戶IC卡POS終端之間進行雙向身份認證，并且IC卡中每次消費額受到限制。
校園一卡通POS終端使用的安全性：管理中心設置唯一的消費終端機具識別號。另外，為了防止偽造或非法使用POS終端，保證POS終端使用的安全感性，需要為每個合法操作員發放一張操作員卡，經過操作員卡后，POS終端才能接受消費交易。
校園一卡通POS中的消費數據的安全：POS終端保存消費明細和該消費明細的消費交易認證碼。進行數據采集時，將消費明細和消費交易認證碼一起上傳，結算中心可以對該消費交易認證碼進行校驗，以保證消費數據的真實性和完整性。
鑒于多種的消費交易的安全保證，校園一卡通http://www.cnedustar.com/對校園財產安全起到了重要的作用。校園卡系統的應用范圍和管理復雜度很大，所以安全防護是必不可少的部分。在保證交易安全的前提下，校園一卡通在校園內的應用更加安全。更有利于應用范圍的擴展。
