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微波加熱具有熱效應和生物效應，能在較低溫度溫度下滅菌和防霉
微波是頻率在300兆赫的電磁波。被加熱介質物料中的水分子是極性分子。它在快速變化的高頻電磁場作用下，其極性取向將隨著外電場的變化而變化，造成分子的運動和相互摩擦效應。此時微波場的場能轉化為介質內的熱能，使物料溫度升高，產生熱化和膨化等一系列物化過程而達到微波加熱干燥的目的。
微波殺菌的機理
微波殺菌是利用了電磁場的熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變性，使細菌失去營養、繁殖和生存的條件而死亡。微波對細菌的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，細菌結構功能絮亂，生長發育受到抑制而死亡。此外，決定細菌正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸（RNA）和脫氧核糖核酸（DNA），是由若干氫鍵松馳、斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體嘁畸變，甚至斷裂。
微波加熱主要特點
1、 加熱迅速
微波加熱與傳統加熱方式完全不同。它是使被加熱物料本身成為發熱體，不需要熱傳導的過程。因此，盡管是熱傳導性較差的物料，也可以在極短的時間內達到加熱溫度。
2、 加熱均勻
無論物體各部位形狀如何，微波加熱均可使物體表里同時均勻滲透電磁波而產生熱能。所以加熱均勻性好，不會出現外焦內生的現象。
3、節能高效
由于含有水分的物質容易吸收微波而發熱，因此除少量的傳輸損耗外，幾乎無其它損耗。故熱效率高、節能。它比紅外加熱節能1/3以上。
4、防霉、殺菌、保鮮
