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自然界中有不少微生物（病毒、細菌、真菌等）具有殺蟲、殺菌、除草及植物生物調節活性。這種微生物有機肥具有很高的專一性，其對靶標害物具有極高的選擇性，而對其他生物卻十分安全。近年來又出現了不少新的直接作為農藥的微生物原農藥。
在現今的直接應用的微生物源農藥中，以蘇云金桿菌（B·T）居主要市場，約占整個微生物源農藥的70%以上，其中半數在美國。目前的B·T商品約數百種，可防治百余種有害昆蟲。
同樣，在我國B·T劑的生產與應用也基為廣泛，據悉已有50余家工廠從事此藥劑的應用開發。同樣，采用病毒進行防治蟲的研究開發較為廣泛。在德國、美國等國家均已開發了不少產品，如蘋果蠢蛾顆粒體病毒、舞毒蛾核多角體病毒等。
在我國，也開發了用于防治松毛蟲和棉鈴蟲的核多角病毒，并有少量生產。此外，用真菌治蟲也是一個重要方面，如果白僵菌治蟲已成為大家所熟知。另外，也有用線蟲、原生動物進行防蟲治蟲的，并已產業化。同時，也有用真菌發展有機肥產品作為“除草劑”以達到以菌治草的，由于人們對微生物源農藥的開發興趣越來越濃厚。
