防水板施工完成后，必須嚴加保護，否則極易損壞，導致防水質量下降，必須予以重視。任何材料、工具、在鋪設時應盡量遠離已鋪好的地段堆放，不得穿帶釘子的鞋在防水層上走動，對現場施工人員加強防水層保護意識教育，嚴禁損壞。在沒設保護層處（如拱頂、側墻）進行其他作業時不得破壞防水層，鋼筋焊接作業時，防水板要用阻燃材料進行覆蓋，避免焊火花損傷防水板。擋頭板的支撐物在接觸到塑料防水板處必須加設橡皮墊層。采用鋼筋混凝土襯砌時，要對鋼筋頭部進行防護，避免損傷防水板。綁扎鋼筋和安裝模板及襯砌臺車就位時，在鋼筋保護層墊塊外包土工布防止碰撞和刮破塑料板。
防水板的保護，在灌注二次襯砌混凝土時，振動棒引起的對防水層的破壞不易發現，故二次襯砌灌注混凝土施工時應特別注意，不得破壞防水層，澆筑時應有專人觀察，發現損傷應立即修補。在灌注二次襯砌混凝土時，應在混凝土輸送泵出口處設置防護板，防止混凝土直接沖擊防水板。二次襯砌灌注混凝土時，避免讓振動棒與防水板接觸；插入式振動棒需變換其在混凝土中的位置時，應豎向緩慢拔出，不得在混凝土澆筑倉內平拖。二次襯砌中埋設的管料與防水板間距不小于5cm，以防止磨損防水板。