近年來，有機磷農藥廢水處理的研究越來越多，主要是因為部分有機磷農藥廢水未經過合理的處理被排放到水中，對生態環境造成很大的損害，影響到生態環境的可持續發展并且威脅著人類的安全。
含有機磷農藥廢水的處理方法有很多種，常用的方法可以分為氧化法、生化法、吸附法、水解法和化學法等。
化學法
有機磷廢水水量大、成分復雜、難處理，特種磷處理設備SPI-IE是湛清環保針對有機磷等特種磷廢水研發的新型化學除磷設備，采用精準調控反應技術，配套SPT-P5特種磷去除劑，通過優化反應器構型及精準控制反應條件，能完全實現特種磷的有效去除。
臭氧氧化法
臭氧氧化法適于處理濃度較低、難被生物降解或對生物有毒的農藥廢水，一般生成疑基化合物，無二次污染，在分解有機物的同時，還具有脫色、除臭和殺菌作用臭氧氧化的缺點是臭氧發生器耗電量較高，故在電量供應充足的條件下才適合。
活性污泥法
生化處理是將均化后的廢水與含有馴化的耐有機磷的細菌的活性污泥混合，并進行曝氣
曝氣后進入沉淀池，經沉淀池處理后再進行二次曝氣，曝氣生化處理可使BOD下降至 13mg／L，有機磷中的磷可作為生物營養物質被回收利用，生化處理法應用廣泛，效果較好。
吸附法
有機磷吸附效果更好，也可經堿解后再用活性炭，活性炭可用蒸汽再生；
廢水中的磷酸三丁酯可用飛灰及粘土作吸附劑去除，但在酸性介質中加硝酸可提高去除率，聚乙烯用醇或酮處理后可用來吸附水中微量的有機磷化合物。