超聲波清洗設備工作頻率很低（在人的聽覺范圍內）就會產生噪音。當頻率低于20kHz時，工作噪音不僅變得很大，而且可能超出職業安全與保健法或其它條例所規定的安全噪音的限度。在需要高功率去除污垢而不用考慮工件表面損傷的應用中，通常選擇從20kHz到30kHz范圍內的較低清洗頻率。該頻率范圍內的清洗頻率常常被用于清洗大型、重型零件或高密度材料的工件。
高頻通常被用于清洗較小、較精密的零件，或清除微小顆粒。高頻還被用于被工件表面不允許損傷的應用。使用高頻可從幾個方面改善清洗性能。隨著頻率的增加，空化泡的數量呈線形增加，從而產生更多更密集的沖擊波使其能進入到更小的縫隙中。如果功率保持不變，空化泡變小，其釋放的能量相應減少，這樣有效地減小了對工件表面的損傷。高頻的另一個優勢在于減小了粘滯邊界層（泊努里效應），使得超聲波能夠“發現”極細小的微粒。這種情況近似于小溪中水位降低時可以看清溪底的小石子。
超聲波清洗機頻率的選擇
超聲空化閥值和超聲波的頻率有密切關系，頻率越高，空化閥越高。換句話說，頻率低，空化越容易產生，而且在低頻情況下液體受到的壓縮和稀疏作用有更長的時間間隔，使氣泡在崩潰前能生長到較大的尺寸，增高空化強度，有利于清洗作用。所以低頻超聲清洗適用于大部件表面或者污物和清洗件表面結合度高的場合。但易腐蝕清洗件表面，不適宜清洗表面光潔度高的部件，而且空化噪音大。40KHZ左右的頻率，在相同聲強下，產生的空化泡數量比頻率為20KHZ時多，穿透力較強，宜清洗表面形狀復雜或有盲孔的工件，空化噪音較小，但空化強度較低，適合清洗污物與被清洗件表面結合力較弱的場合。高頻超聲清洗適用于計算機，微電子元件的精細清洗；兆赫超聲清洗適用于集成電路芯片、硅片及波薄膜的清洗，能去除微米、亞微米級的污物而對清洗件沒有任何損傷。因此從清洗效果及經濟性考慮，頻率一般選擇在20—130KHZ范圍，當然正確選擇頻率至關重要。
