水體污染影響工業生產、增大設備腐蝕、影響產品質量，甚至使生產不能進行下去。水的污染，又影響人民生活，破壞生態，直接危害人的健康，損害很大。
1)危害人的健康水污染后，通過飲水或食物鏈，污染物進入人體，使人急性或慢性中毒。砷、鉻、銨類、笨并(a)芘等，還可誘發癌癥。被寄生蟲、病毒或其它致病菌污染的水，會引起多種傳染病和寄生蟲病。重金屬污染的水，對人的健康均有危害。被鎘污染的水、食物，人飲食后，會造成腎、骨骼病變，攝入硫酸鎘20毫克，就會造成死亡。鉛造成的中毒，引起貧血，神經錯亂。六價鉻有很大毒性，引起皮膚潰瘍，還有致癌作用。飲用含砷的水，會發生急性或慢性中毒。砷使許多酶受到抑制或失去活性，造成機體代謝障礙，皮膚角質化，引發皮膚癌。有機磷農藥會造成神經中毒，有機氯農藥會在脂肪中蓄積，對人和動物的內分泌、免疫功能、生殖機能均造成危害。稠環芳烴多數具有致癌作用。氰化物也是劇毒物質，進入血液后，與細胞的色素氧化酶結合，使呼吸中斷，造成呼吸衰竭窒息死亡。我們知道，世界上80%的疾病與水有關。傷寒、霍亂、胃腸炎、痢疾、傳染性肝類是人類五大疾病，均由水的不潔引起。
(2)對工農業生產的危害水質污染后，工業用水必須投入更多的處理費用，造成資源、能源的浪費，食品工業用水要求更為嚴格，水質不合格，會使生產停頓。這也是工業企業效益不高，質量不好的因素。農業使用污水，使作物減產，品質降低，甚至使人畜受害，大片農田遭受污染，降低土壤質量。海洋污染的后果也十分嚴重，如石油污染，造成海鳥和海洋生物死亡。(3)水的富營養化的危害在正常情況下，氧在水中有一定溶解度。溶解氧不僅是水生生物得以生存的條件，而且氧參加水中的各種氧化-還原反應，促進污染物轉化降解，是天然水體具有自凈能力的重要原因。含有大量氮、磷、鉀的生活污水的排放，大量有機物在水中降解放出營養元素，促進水中藻類叢生，植物瘋長，使水體通氣不良，溶解氧下降，甚至出現無氧層。以致使水生植物大量死亡，水面發黑，水體發臭形成“死湖”、“死河”、“死海”，進而變成沼澤。這種現象稱為水的富營養化。富營養化的水臭味大、顏色深、細菌多，這種水的水質差，不能直接利用，水中斷魚大量死亡。