風扇的軸承可謂是散熱器的"心臟"。目前，較普遍的是液壓(含油)軸承、單滾珠軸承和雙滾珠軸承。
液壓的風扇主要是內層含有油,屬于滑動摩擦。一旦油消耗完后散熱效果極差，轉速明顯降低，并且有噪音。這種風扇壽命相對短，和它的低價格成正比。不過新一代液壓軸承通過自補油技術，使使用壽命有了較大提升，基本上能夠達到3萬小時以上，已經能夠滿足多數應用需要。百元以內散熱器通常使用這種軸承。
滾珠的風扇是內層有一個/兩個滾珠軸承,屬于滾動摩擦。這種設計摩擦系數小，轉速比較高，因而可以帶來更好的散熱效果。此外損耗小,壽命更長，常常會有使用壽命達到15萬小時之多的產品。當然價格也較高，而且噪音上也不如液壓軸承。百元以上散熱器通常使用這種軸承。
低端產品采用的含油軸承，由多孔性金屬材料制造，可吸收并涵養潤滑油，減輕磨損。此工藝成本低廉，壽命最高約為3萬小時。過了使用壽命之后，隨著落塵和油劑的揮發，會令軸承噪音增大，風扇轉速減慢。單滾珠軸承由滾珠軸承和含油軸承組成。此技術工藝成熟，難點在于保證兩個軸承共軸。風扇壽命普遍在4萬小時以上。由于其較好的噪音控制和散熱效率，此類軸承一直占據散熱器市場的絕對優勢。雙滾珠軸承更將產品壽命提升至15萬小時。并且隨著滾珠與軸承的磨合，初用時較大的噪音會逐漸降低，顯示出其優秀的散熱性能。