潛水泵常常會因為水池中缺水而導致電機繞組燒壞。針對這種情況，潛水泵增加的幾種保護措施：缺水保護、電機漏水保護、油室漏水保護、絕緣電阻保護，繞組過熱保護、軸承過熱保護等。
1、禁止電源電壓異常開機
由于低壓供電線路比較長，線路的末端電壓過低是常有的事。當相電壓低于198伏，線電壓低于342伏時，潛水泵電機轉速下降，當達不到額定轉速的70%時，啟動離心開關會閉合，造成啟動繞組長時間通電而發熱甚至燒壞繞組和電容器。相反，電壓過高引起電機過熱而燒壞繞組。因此，潛水泵在作業中，操作者必須隨時觀察電源電壓值，若低于額定電壓10%以下，高于額定電壓10%以上，應使電機停止運轉，找出原因并排除故障。
2、確認正確的電機的旋轉方向
應搞清電機的旋轉方向，現在有許多類型的潛水泵正轉和反轉時皆可出水，但反轉時出水量小、電流大，其反轉時間長了會損壞電機繞組。
3、電纜線安裝與潛水泵的絕緣電阻要求
安裝潛水泵時，電纜線要架空，電源線不要太長。潛水泵下水或提出時切勿使電纜受力，以免引起電源線斷裂。潛水泵工作時不要沉入泥中，否則會導致電機散熱不良而燒壞電機繞組。安裝時，電機的絕緣電阻不應低于0.5兆歐。
4、避免頻繁開關
不要頻繁地開關潛水泵，這是因為電泵停轉時會產生回流，若立即開機，會使電機負載啟動，導致啟動電流過大而燒壞繞組。由于啟動時電流很大，頻繁啟動也會燒壞潛水泵電動機繞組。
5、漏電保護器的安裝
漏電保護器也叫保命器，它的作用從保命器這三個字就可以理解。因為潛水泵在水下工作，容易漏電造成電能損失甚至引發觸電事故。如果裝有漏電保護器，只要潛水泵漏電值超過漏電保護器的動作電流值(一般不超過30毫安)，漏電保護器就會切斷潛水泵的電源，確保安全，同時避免漏電、浪費電能。
6、禁止潛水泵長期超負荷工作
為避免潛水泵長期超負荷工作，不要抽含沙量大的水并隨時觀察電流值是否在銘牌上規定的數值，若發現電流過大，應停機檢查。另外，電泵脫水運行的時間不宜過長，以免使電機過熱而燒毀。
7、注重日常維護
平時多檢查電機，如發現下蓋有裂紋、橡膠密封環損壞或失效等，應及時更換或修復，以防水滲入機器。